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种子的形成(以被子植物为例)与花蕊有直接的关系。雌蕊由柱头、花柱和子房组成，子房内有一至数枚胚珠。胚珠的外层是株被，里面是胚囊，胚囊由胚囊母细胞（又叫大孢子母细胞）发育而成。胚囊母细胞经过减数分裂形成4个大孢子，其中3个退化，1个连续进行3次有丝分裂，形成8个细胞核的胚囊。开始时，这8个核分别位于胚囊两端，各4个。接着，每端各有一个移至胚囊中央，这就是极核（2个）。以后靠近株孔的3个细胞核发育成3个细胞，其中较大的1个是卵细胞，其余两个是助细胞，位于胚囊底部的3个细胞核发育成反足细胞。

雄蕊由花药和花丝组成。花药上有花粉囊，花粉囊里每个花粉母细胞（也叫小孢子母细胞）经过减数分裂形成4个花粉粒（小孢子），每个花粉粒从花药里散发出来，落到柱头上，受黏液的刺激，进行一次有丝分裂，形成1个较大的营养细胞和1个较小的生殖细胞，前者经过多次分裂形成花粉管，花粉管穿过花柱、株孔直达胚囊，后者分裂一次形成2个精子。随后，花粉管的顶端破裂，管内的两个精子被释放出来，一个于卵细胞融合成受精卵，另一个与两个极核融合成受精极核。受精卵经过短暂的休眠后，逐渐发育成由子叶、胚芽、胚轴和胚根组成的胚——新植株的幼体，受精极核不经过休眠，直接发育成胚乳。在胚和胚乳发育的同时，株被发育成种皮。这样整个胚珠就发育成种子。与此同时，自房壁发育成果皮，整个子房就发育成果实。一个果实中种子的数量取决于完成双受精作用的胚珠的数量。