在刊物上、培训班上常常看到和听到：“农家肥要充分腐熟。”理由是农家肥中有大量的有害微生物，只有充分腐熟才能消灭这些有害微生物。
所谓农家肥，主要指畜禽粪便，其中滋生着大量有害微生物，在现代工厂化的养殖中还有添加剂和处理粪便的化学物质，这些都需要通过发酵将其消灭或清除。
农家肥的发酵途径主要有堆腐、沤腐或先沤后堆等，在北方一般以堆腐为主。
农家肥堆腐的目的，首先是将其中的有机态养分分解为无机态，便于作物的吸收；其次是消灭其中的有害微生物，以利于有益微生物繁衍；三是清除其中的有害化学物质，如清圈用的火碱和过腹的添加剂等。
农家肥的发酵是有阶段性的，即半腐熟、腐熟和过腐熟。
半腐熟是粪质较软，有浓郁的霉味，颜色有所改变，如人粪由黄变绿，秸秆垫料由黄变棕。
在不是每天清圈风干的情况下，即农村分散养殖时，圈中早期堆积的粪便多已进入半腐熟状态，只是近期堆积的为未发酵。
腐熟的粪便为一抹黑色，粪便的原形态已不复存在，即黑烂臭。这是农家肥腐熟的最好状态。
过腐熟是粪堆剖面已出现白色，即滋生放射菌。刚出现白色，即白色是点状分布，就应立即停止发酵，通过翻倒降温备用。若白色呈片状分布即为过腐熟，即粪色发白，粪质粉状，臭味消失，变为土腥味。这时基本不是粪，而是腐殖土。
农家肥与化肥相比，其养分浓度过低，且养分为有机态，大分子的不能为作物吸收，发酵的目的是将迟效性有机态养分分解为速效性矿物质态养分，以便于作物吸收。
发酵本身是消耗养分的，为了提高农家肥的养分浓度，不应过腐熟，以腐熟为好，半腐熟更好。
据马复祥《厩肥》一书所载，腐熟厩肥氮的利用率为17.5%，半腐熟厩肥氮的利用率为23.4%，过腐熟的腐殖质氮的利用率为4.8%。所以农家肥以腐熟和半腐熟为好。
就消灭有害微生物而言，半腐熟即可达到目的。据彭克明等《农业化学》所载，当堆内温度达到45～48℃时，玉米谷茬内的400条粟灰螟只需要1天全部死亡，说明温度达到50℃左右蛋白质即可凝固，致生命于死地。而马粪堆积7天温度即可达到75℃，羊粪堆积12天温度即达到65℃。
有机肥工厂化生产，一般都采用配料制，热性肥与冷性肥搭配，甚至加入秸秆，一般半腐熟和腐熟就能达到杀灭有害微生物的目的，不需要过腐熟。
腐熟的过程也是添加剂分解过程，不会使添加剂在生产中循环。腐熟的过程还是释放有机酸的过程，有机酸可以消减混在粪便中的碱性物质。所以消除有害物质做到堆腐即可，不需要过腐熟。
过腐熟不仅消耗大量养分，降低利用率，更可怕的是使三要素营养比例失调。
2006年鞍山有一例有机肥生产，配料以鸡粪为主，占80%；另外有草炭（9%）、褐煤（9%）和香油渣（2%）。为大棚发酵，发酵40天，翻倒11次。分析结果是，含氮1.1%、磷酸3.1%、氧化钾2.0%。果树对氮、磷、钾比例的要求为2∶1∶2或3∶1∶3。而这例有机肥磷是氮的3倍，对任何作物都是不合适的。
2006年秋施用这种肥料的，2007年‘南果梨’完全不着色；而同一个园此前施用半腐熟的有机肥，则着色很好。一个有机肥生产厂家要卖给一个果业公司肥料，经分析，含氮量不到1%，磷酸4%，氧化钾3%。这笔买卖没有做成。
事实说明，农家肥过腐熟是工厂化生产的通病，应当清醒认识到，过腐熟的有机肥是无法用于生产的。
