（1）幼果期日灼果。一般因为天气干旱高温；果园土壤墒情较差；套用劣质塑膜袋或纸袋，纸袋遮光性不强、透气透水性不好，温湿度稳定性差；或由于套袋时操作不当，未将幼果置于袋内中央，幼果和纸壁未能完全分离；此外，对弱势果株果实套袋等都易发生日灼果。套袋后2~5天为日灼高峰。套袋早，日灼重。
解决方法：套前浇水，或在高温天气时进行果园喷水；选用质量好的果袋，并按正确方法套用：注意套袋树的选择，对着色较好、生长健壮的树进行套袋。选骨干枝分布合理，通风透光，树冠外围果着色面积能达50％，内膛果能达30％左右的苹果树，套袋后效果较佳；遇幼果期连阴天后高温天气时，不要马上套袋，否则易发生日灼。过2个高温强日照天气再套袋，日灼表现会较轻。
（2）幼果脱落。一般发生在套袋后3~4周，原因为套袋前未做好疏花疏果工作，留果量较大，枝果比和叶果比不尽合理，致使树体负载过大，树体枝叶光合作用产生的营养不能满足果实快速生长的需要，从而造成落果。
解决方法：套袋前及时疏花，按量留果。疏果在花后10天萼片合拢时开始，约20天完成，隔20~25厘米留1个健壮果，留果时主要选用壮枝果、侧向果和中心果。为防止春季冻害，最后定果要在低温霜冻过后进行。一般80毫米以上的果子需60片叶子进行光合作用才能保证营养供给，因此单株留果量要根据树势而定。红富士平均留果量一般为每公顷12～15万个。
（3）果实萎缩不长。树势较弱果园遇高温、干旱、未能及时浇水时较易发生。若双层纸袋外层厚而耐雨淋，内为非压光黑纸层，遮光性差。气温升高后袋内会形成高温低湿的小环境，致使果实水分倒流向叶片，从而造成苹果生长停止、直至萎缩。
解决方法：避免给无浇灌条件的弱势果园套袋，对于可套袋旱地果园干旱时应及时浇水。不使用紫色、红色塑膜袋和内层为非压光黑纸的双层纸袋；做好管理工作，使果园布局合理，通风透光；注意多施有机肥，培肥土壤，增强树势并避免过度环剥。
（4）发黄不上色。在枝叶量过大、树冠郁蔽的密植果园较易发生。通风透光条件尚可的果园也时有发生，如：套用透光性较差的纸袋，造成果实难脱绿，除袋后难上色；旺树施氮过量，特别是在7~8月冲施、追施过量氮；因硼砂施用过量而导致的硼中毒；着色关键期持续高温使着色物质无法形成；因过度环剥致使树体营养积累不足；摘袋过早造成褪色反绿，过晚则表现为发黄不上色。
解决方法：根据苹果品种适时套用透光均匀且适中的果袋：合理控制栽植密度和总体枝叶量，改善果园通风透光条件；在多施有机肥料的基础上适时适量追施氮、硼肥。追硼时根据树体生长情况定施不施和施用量；采用果园生草和灌溉保湿等措施应对着色期高温；在因树势较弱或上一年树叶脱落过早而造成树体营养积累不足时，翌年应不环剥或少环剥：根据栽植品种适时摘袋，一般红富士于9月25日~26日开始摘袋，嘎拉等品种于8月1日~5日摘袋较合适。
（5）套袋后发生虫害。黄粉虫、蚧壳虫、卷叶虫、绵蚜等害虫进入果袋损害果实，影响果品质量和产量。主要是由于套袋前未能及时喷好杀虫药剂或袋口封不严所致。
解决方法：针对早、中、晚熟苹果的生理特性确定套袋时间，在允许的时间范围内能早则尽量早套果袋，从而减少果实因裸露而被害虫危害的机会；套前喷生物杀虫剂和灭幼脲类杀虫剂，套时做到严封袋口。
（6）苹果裂纹重。苹果裂纹重主要表现“肩部”裂纹重和梗洼裂纹重2种现象。“肩部”裂纹重是由于苹果生长后期，果肉细胞仍在继续膨大生长时遇温度下降，相对较嫩的苹果“肩部”果皮收缩，果肉细胞撑开果皮而导致其出现裂纹；苹果梗洼裂纹重是由于未能及时摘袋或摘袋后未能及时采收所引起的。另外，由于外层纸袋雨后破碎，或遇连阴天，或套透水、透气性差的袋，纸袋吸水干得慢，或袋内进水短期内不干，袋内温湿度变化太大等原因均会导致苹果裂纹加重。
解决方法：在果实第1、第2次膨大期间，于傍晚喷施2％的氨基酸钙溶液。在果实第2次膨大前期、中期各喷1次萘乙酸；摘袋后，依据苹果品种选择采收时间并及时采收，采收工作以不超过10天为宜；使用透气透水性好、耐风吹雨打的纸袋，套时要封严果袋上口，遇连雨要剪开果袋下角，并及时排出果园积水。特别在果实膨大期，应使果园土壤干湿度保持适中。
（7）苦痘病、痘斑病(缺钙症)。苦痘病、痘斑病即缺钙症。果实套袋后，在袋内湿度大、光照弱的小环境下对包括钙在内的各种元素的竞争拉动力下降，因此枝叶量较大或修剪过重造成的枝条旺长树，果实更易出现缺钙症状；套袋早的果树，蒸腾拉力作用小，易出现缺钙症状；过度环剥会引起各种元素运输不畅，缺钙症严重。
解决方法：通过增施有机肥和果园生草等措施提高土壤有机质含量，使有机钙含比增加；合理灌溉，使土壤含水量保持适中，遇连雨天时及时排除园内积水；对于栽植密度和枝叶量较大、光照郁蔽的果园。可通过间伐和合理修剪，剔除多余植株及枝叶，使整个果园植株密度和叶果比适中、光照充足；对于含钙量不足的土壤在春、秋两季要及时进行基施与追施钙肥。以提高树体内的钙素积累。在苹果需钙的塑膜袋的高峰期，如花后4~6周叶面连喷3次钙肥，即可明显增加果实前期的钙素吸收。果实除袋后为近成熟期，是吸收钙的又一高峰，再喷1~2次钙肥，可达到补钙效果并能减轻苦痘病的发生；适时套袋，不宜过早，红富士等晚熟品种适宜的套袋时间一般在花后20~30天。
