1.土壤微生物的种类
土壤微生物指的应该是土壤中的全部微生物，不是专指在某些范围内的特殊微生物。但在应用时，我们更关注对植物生长发育有益的那些种类。比如：①细菌。细菌适于中性及微酸性环境。一般在20～30℃时大量繁殖。通常分两类，一类为自养细菌，有同化二氧化碳的能力，可直接影响土壤理化性状，平衡土壤酸碱度；另一类为异养细菌，通常和植物共生．对植物生长有促进作用，如豆科植物的根瘤菌等。②放线菌和霉菌。土壤中的放线菌是以需氧性异养状态生活的，它们的主要活动是分解土壤中的纤维素、木质素和果胶类物质等，以此改善土壤养分状况，释放可利用养分，便于植物直接吸收利用。在酸性土壤中，以霉菌的活动为主，而在中性和微碱性土壤中，则以放线菌的活动为主。③藻类。它是一类单细胞，通常为丝状微生物，可进行同化作用，能够固定空气中的氮素营养，帮助植物多方式利用以各种状态存在的氮素。与以上几种菌类不同的是，它更适于在碱性环境中发挥作用。
2.土壤微生物的作用
土壤微生物种类繁多、分布广泛、生长繁殖快、代谢能力强、遗传稳定性差（容易变异），其大部分对植物生长发育有益，对土壤的形成发育、物质循环和肥力演变等均有重大影响。具体作用为：①形成土壤结构。土壤并不是单纯的颗粒与化肥的简单结合，作为土壤的活跃组成成分，土壤微生物在自己的生活过程中，通过代谢活动中氧气和二氧化碳的交换以及分泌的有机酸等，促进土壤粒子形成大的团粒结构，最终形成真正意义上的土壤。土壤微生物的区系组成、生物量及其生命活动，与土壤的形成和发育有密切关系。②分解有机质。比如植物的残根败叶和施入土壤的有机肥等，只有经过土壤微生物的作用，才能腐烂分解，释放出营养元素，供植物利用，并形成腐殖质，改善土壤的结构和耕性。③分解矿物质。例如磷细菌能分解出磷矿石中的磷，钾细菌能分解出钾矿石中的钾，以利植物吸收利用和提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也离不开土壤微生物。这些土壤微生物就如土壤中的肥料加工厂。将土壤中的矿质肥料加工成植物可以吸收利用的形态，源源不断地供给植物。④固氮。氮气占空气组成的4/5，但植物不能直接吸收利用。某些微生物可通过其具有的固氮功能，将空气中的氮气转化为植物能够利用的固定态氮化物。有了这样的土壤微生物，就相当于土壤有了自己的氮肥生产车间。⑤降解土壤中残留的有机农药、城市垃圾和工厂弃物等。
3.土壤微生物在肥料生产中的应用
从土壤中分离获得的微生物在农业生产中的应用相当广泛，如微生物肥料、微生物饲料、微生物杀虫杀菌剂等。用于生产微生物肥料的菌种主要有根瘤菌、固氮菌、放线菌、光合细菌和硅酸盐细菌等。①根瘤菌。可以将环境中的植物不能直接利用的氮固定转化成可以利用的氨，以提高氮在植物体内的循环效率。这一过程没有任何环境污染，且使用过程没有氮的流失。②硅酸盐细菌和磷解细菌。能够分解土壤中的难溶性硅酸盐和磷等矿物质，并把它们转化成易溶性矿质化合物，供植物吸收利用。③光合细菌。可促进植物光合作用，作为叶面肥已广泛应用。④微生物生长调节剂。主要是一些微生物代谢产生的激素类产品，如生长素、赤霉素等。
