果园是一个人工生态系统，系统内的生物本应该丰富本应该丰富多彩，系统内外物质和能量应能够良性循环。但是，常规果园生产只注重对土地的使用和单一经营，轻视对果园土壤的养护、资源的统筹和综合经营，认为地割断了生态与经济的内在联系，破坏了生态平衡。同时，常规生产过分看重果品产量、果园经济效益和当前利益，而忽视生态环境、果品质量和果园的长远利益。常规生产方式是以牺牲环境资源为代价换取眼前经济发展的经营模式，它已经造成了一系列严重后果。
果园生态资本存量锐减
生态资本是能够带来经济和社会效益的生态资源和生态环境，主要包括自然资源总量、环境质量与自净能力、生态系统的使用价值以及能为未来产出使用价值的潜力等内容。农业生态资本指生物界在能量转化和物质循环过程中形成的一种可再生的生物质能。农业生态资本存量是在一定条件下能够转化为经济产品的可再生的生物资源和物质的库存量，它是人类生存和一切经济活动的物质基础。果园生态资本存量是果园体系下的农业生态资本存量，它是果树生产可持续发展的物质基础。
在果园常规生产中，由于缺乏合理规划布局，致使对果园土地盲目开发、片面利用，造成资源配置不合理，不少果园缺乏必要的防护林和排蓄水工程，生态系统脆弱，抵抗自然灾害的能力低下；同时，果园食物链逐渐由复杂多样向简单化演变，果园物种单一，许多果园生态组分简单，生态系统恶性循环。尤其是土壤微生物和天敌种群，由于生态因子改变和化肥农药的大量使用而日益减少，导致果园生态系统的物质循环和能量流动受阻，土壤有机质含量低，保水保肥性能差，果园生态资本存量锐减。此外，由于土壤长期采用清耕的管理方式，给果园留下许多空白的生态位（生态要素在环境中的时空位置），造成光、热、水、土、气资源严重浪费；同时，清耕带来的土壤裸露加剧了水土流失和天敌昆虫栖息环境的破坏，导致果园病虫害更加猖獗和果园生态环境恶化等等。
果园生态平衡受到破坏
常规果园为了维持高产，过量施用化肥，破坏了土壤结构，加速了次生盐渍化，使土壤生产能力日益下降，而为了维持眼前的生产，愈益依赖化肥，如此反复地恶性循环，导致土壤生态环境恶化。常规果园为了防止有害生物，还大量使用化学农药和除草剂，这虽然暂时控制住了病虫草的危害，保住了产量，但也杀灭了天敌，破坏了自然界动物区系及昆虫、微生物与植物之间的生态平衡，有害生物抗药性逐渐增强，最终导致不少果园病虫草害频发，并形成药剂投入增加与害虫发生严重的恶性循环。而且，化学农药的大量使用还使果园残毒增多、有害物质富集和生态平衡破坏，这不仅导致产量和品质下降，还危害果品安全质量，威胁人类自身安全。同时，化肥、农药、除草剂、生长调节剂等投入的增加和有机物料投入的减少，使果园能量输入由主要依赖有机能量转向依赖无机能量的投入，破坏了土壤团粒结构，污染了果园生态环境，给果园埋下了严峻的生态隐患。
果园可持续发展的基础遭到破坏
乡镇工业尤其是水泥、化工、造纸、砖瓦厂等中小工业企业的发展，使果园周围环境污染日益严重。但常规果园生产对此重视不够，致使粉尘、废水、废渣、废气等污染物不断侵入果园生态系统，直接危害果树正常生长发育和果品安全生产，甚至使整个果园报废。常规生产对果园水土保持也不够重视。许多果园缺少必要的防护林和水保设施，致使土壤冲刷严重，土层变薄，果树根系裸露，而且土壤养分随水土流失而被带走，导致土壤沙化、地力衰退等。此外，常规果园的经营模式由于主要依赖不可再生能源和资源的投入，使果树生产成本不断提高，经济效益不断降低，收益递减现象日趋明显，导致保障果树生产可持续发展的环境资源基础遭到破坏。
