 草甘膦是一种有机磷内吸传导形灭生性除草剂，药液要大量传导到杂草地下根茎组织，才能达到理想的除草效果，这需要杂草有较多的叶片，在使用前杂草叶面积小，光合作用不强，则根部营养向上传导，此时用药则药液向下输入根部的量很少，起不到很好的杀草效果。而杂草生长中后期光合作用强，光合产物由上向下传导，此时用药，除草效果最好。因此，使用草甘膦最重要的一条是选定最佳用药时间。要在杂草生长最旺盛时期、在开花前用药最佳。一般一年生杂草15—20厘米、多年生杂草30厘米左右高度时用药，除草效果最好。不考虑杂草的生育期，待杂草老化后再盲目喷药除草收不到理想的效果。另外，在确定用药浓度时一定要考虑杂草的类形，一般禾本科杂草对草甘膦较敏感，能被低剂量的药液杀死，而防除阔叶杂草时则要提高浓度，对一些根茎繁殖的恶性杂草，则需要较高浓度。杂草叶龄大，耐药性提高，相应的用药量也要提高，如防除果园杂草时，一年生禾本科杂草可用10%草甘膦500—700毫升对水30—40公斤，防除一年生阔叶杂草应增加到750—1000毫升，防除多年生恶性杂草用量应增加到1250—1500毫升。但是，用药过量时会迅速杀死植物传导组织，反而不利药液吸收而降低药效。因此，为了经济用药，应先用较低浓度把嫩草杀死，然后10天后再用相应浓度喷恶性杂草。其次，是关于草甘膦与其他除草剂混配的问题，有的农户想除多种草，为了省工省时，在使用草甘膦时任意加入其它除草剂，但其结果反而不好，因为有些除草剂是不能与草甘膦混和使用的，如克无踪，百草枯等速效型除草剂(以免杂草地上部分过早死亡，丧失草甘膦的内吸传导功能，降低了草甘膦对地下草茎的杀灭效果)，但在草甘膦中加入0.1%的洗衣粉或者加入柴油均能增加药液的渗透性和粘着力，提高药效。
草甘膦是灭生性除草剂，如果使用不当，会给农民带来安全隐患。农户使用草甘膦进行除草时，往往因为没有在喷头上套防护罩，草甘膦随风飘散，对作物造成药害。还有一些农户用后对机器没有清洗，结果在喷施其它农药时，将残留的草甘膦药剂喷施其它作物造成药害，给农户造成损失。  | 
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