一是感病严重的棉籽 枯萎病、黄萎病是制约棉花产量的顽症，而棉籽又是病菌的载体，病菌可以随着棉籽迅速传播，因此，枯萎病、黄萎病严重地区的棉种，不能调入感病轻的棉区，更不能调入无病棉区。
二是伏前桃和晚秋桃棉籽 伏前桃和晚秋桃生长发育不良，成熟度差，铃重量轻，种子发芽率低，长势弱。
三是剥桃芽的棉籽 有些棉农对发育较为充分的伏桃，仍然有抢墒剥桃芽的陋习。凡剥桃芽的棉籽，由于没有充分成熟，不能做种。
四是喷施了乙烯利的棉籽 喷施乙烯利虽然可以促使棉花早熟3～4天，但对棉籽损伤较大，致使其发育不全，不能做种。
五是退化严重的品种 棉花是异交作物，异交率在8％左右，有些棉农多年没有更换新的品种，棉种纯度只有70％-80％，品质退化严重，继续使用将会导致减产、品质下降。
六是与农药、化肥一起存放的棉籽 有些农户常常将棉籽与农药、化肥一起长期存放于一个仓库，由于通气不畅，农药、化肥散发的有毒气体会损伤棉籽正常的生理机能，造成发芽率锐减。
七是储存年代过久的棉籽 存放半年的棉种一般发芽率在80％以上，在无低温冷藏设备的情况下，棉种的寿命与储存年代呈反比，即存放年代越久，棉种寿命越短。
八是水泥晒场上晒过的棉籽 在水泥晒场上晒含水量较高的棉籽，容易造成棉种生理机能失调，部分棉籽形成哑子，失去发芽能力。
九是机械损伤过重的棉籽 精加工的包衣棉种中，机械损伤率应控制在2％以内。破籽率超过2％以上的棉籽，受药物浸染过重，对发芽率影响很大，破籽率过高就不宜于做种用。
十是退化籽 棉籽里往往发现又大又白的多毛大白籽以及无毛的光籽、稀毛籽、绿籽、稀毛绿籽、小籽等，这些都是退化籽，上面长的纤维比较短，品质较差。用这些种子播种所产生的后代，产量减少，纤维品质下降，因此，在播种前必须进行严格挑选，把这些种子淘汰掉。
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