一、病害。主要有炭疽病、根腐病、枯叶病、黑胫病、白粉病等，轻者影响烤烟色泽和香味，重者造成严重减产。应采取以下措施。
1、种子消毒。将种子进行水选或风选并在太阳光下晒3天，然后放入2%硫酸铜或福尔马林溶液中浸泡10分钟消毒，洗净晒干后盛在催芽棚内催芽，可有效防治种子携带的病菌。
2、培育无病烟苗。苗床应尽量远离菜地、烤房等场所。床土及肥料不能混有烟秆及废烟叶残屑。播种前用25%多菌灵或50%托布津可湿性粉剂，每平方米苗床用药5-10克拌细土5-10公斤，1/3垫底，2/3覆盖，或拌入土中进行土壤处理，可有效防治烟草根腐病、炭疽病等。
3、加强栽培管理。实行轮作，施足有机底肥，增施磷钾肥，忌偏施氮肥；起垄移栽，合理密植，保证大田通风透光，降低田间湿度，减轻病害发生程度。
4、药剂防治。大田移栽前用25%多菌灵500-800倍液浇坑，每坑250-500毫升，可防治枯叶病、根腐病等。大田发现黑胫病株后及时拔除，用绿盾4%农抗120瓜菜烟草专用型500倍液或者50%瑞毒霉500倍液浇灌根际土壤，隔7-10天再灌1次。对白粉病、炭疽病可在发病初期用绿盾4%农抗120瓜菜烟草专用型500-600倍液喷雾，7-10天1次，连喷2-3次，可有效防止病害发生，但烟草生长后期不宜使用。
二、虫害
1、烟青虫。冬前深耕土壤，灌水淹，降低越冬虫源；早上8时左右人工捕捉幼虫，用黑光灯、杨柳枝诱杀成虫；成虫产卵高峰后3-4天每亩用绿盾高效Bt100克对水50公斤均匀喷雾防治，效果很好，而且无公害，也可在卵孵盛期用2.5%功夫1000倍或20%灭扫利1500-2000倍液喷雾防治。
2、烟蚜虫。用20%灭扫利1500-2000倍液或2.5%吡虫啉可湿性粉剂1000倍液交替喷雾防治。一般施药2次可达到防治效果，第1次防治时间大约在5月下旬左右，第2次防治一般在7月上旬左右。
3、小地老虎。用泡桐叶或毒饵（5公斤饵料炒香，加90%敌百虫150克加水拌匀）诱杀幼虫，利用糖醋液和黑光灯诱杀成虫；3龄前幼虫用20%杀灭菊酯喷雾防治。
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