无土栽培基质长时间使用后会聚积病菌和虫卵，尤其在连作条件下，更容易发生病虫害。因此，每茬作物收获以后，下一次使用之前一定要对基质进行消毒处理。
基质消毒最常用的方法有蒸汽消毒和化学药品消毒。
一、蒸汽消毒。此法简便易行，经济实惠，安全可靠。凡在温室栽培条件下以蒸汽进行加热的，均可进行蒸汽消毒。方法是将基质装入柜内或箱内（体积1-2立方米），用通气管通入蒸汽进行密闭消毒。一般在70-90℃条件下持续15-30分钟即可。
二、化学药品消毒。所用的化学药品有甲醛、甲基溴（溴甲烷）、威百亩、漂白剂等。
1、40％甲醛
又称福尔马林，是一种良好的杀菌剂，但对害虫效果较差。使用时一般用水稀释成40-50倍液，然后用喷壶每平方米20-40升水量喷洒基质，将基质均匀喷湿，喷洒完毕后用塑料薄膜覆盖24小时以上。使作前揭去薄膜让基质风干两周左右，以消除残留药物危害。
2、氯化苦
该药剂为液体，能有效地防治线虫、昆虫、一些杂草种子和具有抗性的真菌等。一般先将基质整齐堆放30厘米厚度，然后每隔20-30厘米向基质内15厘米深度处注入氯化苦药液3-5毫升，并立即将注射孔堵塞。一层基质放完药后，再在其上铺同样厚度的一层基质打孔放药，如此反复，共铺2-3层，最后覆盖塑料薄膜，使基质在15-20℃条件下熏蒸7-10天。基质使用前要有7-8天的风干时间，以防止直接使用时危害作物。
氯化苦对活的植物组织和人体有毒害作用，使用时务必注意安全。
3、溴甲烷
该药剂能有效地杀死大多数线虫、昆虫、杂草种子和一些真菌。使用时将基质堆起，然后用塑料管将药液喷注到基质上并混匀，用量一般为每立方米基质100-200克。混匀后用薄膜覆盖密封2-5天，使用前要晾晒2-3天。
溴甲烷有毒害作用，使用时要注意安全。
4、威百亩
威百亩是一种水溶性熏蒸剂，对线虫、杂草和某些真菌有杀伤作用。使用时1升威百亩加入10-15升水稀释，然后喷洒在10平方米基质表面，施药且将基质密封，半月后可以使用。
5、漂白剂（次氯酸钠或次氯酸钙）
该消毒剂尤其适于砾石、砂子消毒。一般在水池中配制0.3-1%的药液（有效氯含量），浸泡基质半小时以上，最后用清水冲洗，消除残留氯。此法简便迅速，短时间就能完成。次氯酸也可代替漂白剂用于基质消毒。(齐时洁)
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