首先要掌握好种子的成熟期和成熟度。即使是同一棵花木，种子也不会同时熟，随熟随采收，以免风吹种落鸟啄食，或阴雨天种子霉烂、种子熟透散落。要选开花早熟或成熟早的种子留种。这样的种子来年播种发芽早且健壮，开花也早。如发现花朵或颜色等有变异的应单独收留和单独种养，这样可能会繁育出新品种来。
其次，采收方法也因花卉的种类不同而异，有的可将整个花朵摘下，风干后取种，如鸡冠花、一串红等；有的浆果，可将果实揉搓，放在水盆里，洗去果肉，清出种子，再把种子晾干，如金银茄、珊瑚豆等；还有些种子，果实成熟后，果皮崩裂、种子散失，应在果实由绿转黄褐色时，及时采下，如紫薇、凤仙花等；还有些球根花卉，如大丽花、美人蕉、花叶芋等，在下霜前及时把球茎挖出，以免受冻害，球茎晾晒后，放于屋内沙藏。
花卉种子的收藏方法，常用的有干藏、沙藏、水藏等。
干藏。大多数花卉种子都可采用此法收藏。先将种子晾干，剔除杂质，装入纱布缝制的袋内，如一串红、鸡冠花等，不要装入玻璃瓶或塑料袋内，不透空气，影响种子呼吸。可把种子袋挂在室内阴凉通风处，保持室温在5-10℃即可。
沙藏。将采收的牡丹、芍药等种子，入于0-5℃的低温湿沙内，这类种子在自然条件下，有一段休眠期，经过休眠而后熟。在播前1个月拿出，春天播种。
水藏。有些种子采收后应泡在水里，如睡莲等，水温5℃左右，低于0℃时种子会受到冻害，影响出芽。
各类种子均不宜曝晒，要晾干，否则会影响其发芽率。晾干后把种子放在阴凉通风处，注意防潮、防烟熏、防鼠。
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