光合细菌在养殖水体中使用和在饲料中添加，能改善水质，减少耗氧，促进鱼虾成长，提高产量。光合细菌宜掌握在水温20℃以上时使用，低温及阴雨天不宜使用。
在池塘使用时，每立方米水体2～5克光合细菌拌细碎的干肥泥土粉均匀撒入鱼池，以后每隔20天左右，每立方米水体用1～2克光合细菌兑水后全池泼洒。虾池每立方米水体用5～10克光合细菌拌细碎的干肥泥土粉均匀撒入池，以后每隔20天左右，每立方米水体用2～10克光合细菌兑水后全池泼洒。
用于饲料添加投喂鱼虾时，按1%的比例拌入。
用于疾病防治时，可连续使用，每立方米水体鱼池用1～2克、虾池用5～10克兑水后全池泼洒。
在池塘施用粪肥或化肥时，配2～5克光合细菌效果更为明显，可避免肥料用量过大、水质难以把握的缺点，并可防止藻类老化造成水质变坏。
水瘦时要先施肥再使用光合细菌，这样有利于保持光合细菌在水体中的活力和繁殖优势，降低使用成本。
此外，酸性水体不利于光合细菌生长，应先泼洒适量生石灰乳，调节水体pH为7左右后再使用光合细菌。药物对光合细菌制剂的活体细菌有杀灭作用，因此不能与消毒杀菌剂同时使用。水体消毒需经过一周后方可使用。
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